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研究人員開(kāi)發(fā)了用于病毒發(fā)現(xiàn)的序列分析管道

更新時(shí)間:2021-03-11  |  點(diǎn)擊率:772

赫爾辛基大學(xué)的研究人員開(kāi)發(fā)了一種新型的生物信息學(xué)管道,稱為L(zhǎng)azypipe,用于識(shí)別宿主相關(guān)或環(huán)境樣品中的病毒。該管道是在病毒學(xué)家和生物信息學(xué)家之間密切合??作下開(kāi)發(fā)的。研究人員認(rèn)為,他們已經(jīng)成功解決了病毒宏基因組學(xué)通常遇到的許多挑戰(zhàn)。

 

此前,由Olli Vapalahti教授領(lǐng)導(dǎo)的病毒人畜共患病研究小組發(fā)表了兩個(gè)實(shí)例,這些實(shí)例是由Lazypipe從野生動(dòng)物中鑒定出的新型和潛在的人畜共患性病毒制劑,可以用作載體。從肯尼亞的Mops condylurus蝙蝠的糞便和器官樣本中鑒定出一種新的埃博拉病毒,并從東北部的tick中鑒定出一種新的由tick傳播的病原體沿山病毒。

Teemu Smura博士說(shuō):“這些例子證明了Lazypipe數(shù)據(jù)分析對(duì)具有非常不同的DNA / RNA背景的NGS文庫(kù)的有效性,涉及從哺乳動(dòng)物組織到合并和壓碎的節(jié)肢動(dòng)物。

當(dāng)前的冠狀病毒大流行增加了以無(wú)偏見(jiàn)的方式快速檢測(cè)以前未知的病毒的需求。

Ravi Kant博士說(shuō):“在沒(méi)有參考基因組的情況下檢測(cè)到SARS-CoV-2,證明了Lazypipe在新型人畜共患病毒制劑出現(xiàn)的情況下的效用,并且可以通過(guò)NGS測(cè)序從臨床樣品中快速檢測(cè)出。”

4月初,研究小組使用Lazypipe測(cè)試了SARS-CoV-2陽(yáng)性樣本的文庫(kù)。

Ilja Pljusnin博士說(shuō):“我們確認(rèn),該管道在默認(rèn)設(shè)置下且沒(méi)有SARS-CoV-2參考基因組的10個(gè)庫(kù)中,有9個(gè)檢測(cè)到SARS-CoV-2 。”

Assoc補(bǔ)充說(shuō):“懶惰管可能在預(yù)測(cè)新興傳染病中起關(guān)鍵作用。” Tarja Sironen教授。

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來(lái)源:生物探索

 

qPCR法介紹:

熒光定量PCR法(qPCR):是在常規(guī)PCR基礎(chǔ)上,將『針對(duì)支原體特異性保守序列的探針』做熒光標(biāo)記,使PCR擴(kuò)增后的產(chǎn)物帶有熒光,利用熒光信號(hào)的變化和配套軟件,進(jìn)行DNA擴(kuò)增反應(yīng)的實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè),簡(jiǎn)稱qPCR。

優(yōu)點(diǎn):①靈敏度高、特異性強(qiáng)。

②時(shí)間短,2-3小時(shí)出結(jié)果。

③檢測(cè)結(jié)果可定量。

④操作簡(jiǎn)便。

缺點(diǎn):①對(duì)于已做支原體滅活處理的樣品,由于支原體DNA仍舊存在其中,PCR結(jié)果會(huì)出現(xiàn)假陽(yáng)性。(可用培養(yǎng)法做補(bǔ)充驗(yàn)證)

②不同廠家生產(chǎn)的試劑盒質(zhì)量

 
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